2'-F-dU 포스포라미다이트(DMT-2'-F-dU 포스포라미다이트라고도 함, CAS 146954-75-8)는 화학적으로 변형된 데옥시우리딘 포스포라미다이트 단량체로, 데옥시리보스 당의 2'-플루오로(2'-F) 치환, 5'-O-디메톡시트리틸(DMT) 보호기 및 β-시아노에틸(CE)을 특징으로 합니다. 3' 위치의 포스포라미다이트. 우리딘 염기는 고리외 아민 보호기(시티딘이나 아데노신과 달리) 없이 존재하여 이러한 변형을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 합성 및 탈보호를 단순화합니다. 2'-플루오로 변형은 올리고뉴클레오티드 치료제의 뉴클레아제 저항성과 열 안정성을 향상시키는 가장 강력한 화학적 변형 중 하나입니다. 2' 위치에 있는 전기음성도가 높은 불소 원자는 당을 C3'-엔도(RNA 유사) 구조로 고정하여 상보적 RNA 표적에 단단히 결합할 수 있도록 올리고뉴클레오티드 백본을 미리 구성합니다. 2'-F-dU 포스포라미다이트는 siRNA, 안티센스 올리고뉴클레오티드(ASO) 및 앱타머의 합성에 널리 사용되며, 특히 티민 유사 염기가 필요하지만 아데노신에 대한 결합 친화력이 향상된 경우에 더욱 그렇습니다.
일반적으로 DOTAP 염화물로 불리는 1,2-디올레오일-3-트리메틸암모늄-프로판(염화물 염)은 핵산 전달에서의 역할로 널리 알려진 양이온성 지질입니다. 구조적으로 이 분자는 영구 양전하를 운반하는 4차 암모늄 헤드 그룹, 각각 하나의 시스 이중 결합을 포함하는 2개의 18탄소 올레오일(C18:1) 사슬, 전체 전하의 균형을 맞추는 염화물 반대이온을 특징으로 합니다. 불포화 지방산 꼬리는 아실 사슬에 꼬임을 유발하여 막 유동성을 증가시키고 세포막과의 리포솜 융합을 촉진합니다. 1,2-디올레오일-3-트리메틸암모늄-프로판(염화물 염)의 염화물 염 형태는 난용성 요오드화물 염 형태와 달리 염화물 반대이온이 수용해도와 생리적 조건과의 호환성을 보장하기 때문에 생물학적 응용에 선호되는 제제입니다. 영구적인 양이온 전하와 유연한 불포화 꼬리의 조합으로 인해 1,2-디올레오일-3-트리메틸암모늄-프로판(염화물 염)은 유전자 전달 응용 분야를 위한 리포솜 및 지질 나노입자(LNP)를 공식화하는 데 매우 효과적인 빌딩 블록이 됩니다.
Bz-rC 포스포라미다이트(DMT-2'-O-TBDMS-rC(Bz) 포스포라미다이트, CAS 118380-84-0이라고도 함)는 고체상 RNA 합성에 사용되는 표준 리보뉴클레오시드 포스포라미다이트 단량체입니다. 이 분자는 리보스 당의 2'-O-TBDMS(tert-부틸디메틸실릴) 보호 그룹, 시토신 염기의 N4-벤조일(Bz) 고리외 아민 보호 그룹, 5'-하이드록실 위치의 5'-O-디메톡시트리틸(DMT) 보호 그룹, 3' 위치의 β-시아노에틸(CE) 포스포르아미다이트 기능을 특징으로 합니다. N4-벤조일 그룹은 시토신 고리외 아민에 대해 가장 널리 사용되는 보호 전략 중 하나이며, 올리고뉴클레오티드 사슬 조립 중 원하지 않는 아실화 및 분기 반응에 대한 강력한 보호 기능을 제공합니다. 2'-O-TBDMS 그룹은 RNA 합성에서 2'-하이드록실에 대한 고전적인 보호 그룹으로, 탈보호 중 탁월한 선택성과 표준 고체상 합성 주기와의 호환성을 제공합니다. Bz-rC Phosphoramidite는 구조 생물학에서 RNA 치료에 이르기까지 다양한 응용 분야를 위해 시티딘 잔기를 합성 RNA 올리고뉴클레오티드에 정확하게 통합해야 하는 연구자가 선택하는 빌딩 블록입니다.
2'-O-Methyl-rA(N-Bz) 포스포라미다이트(DMT-2'-O-Methyl-rA(Bz) 포스포라미다이트, CAS 110782-31-5라고도 함)는 화학적으로 변형된 리보뉴클레오사이드 포스포라미다이트 단량체로, 리보스 당에 2'-O-메틸 변형이 있고, 리보스 당에 N6-벤조일(Bz) 고리외 아민 보호기가 있는 것이 특징입니다. 아데닌 염기, 5'-하이드록실 위치에 표준 5'-O-디메톡시트리틸(DMT) 보호 그룹, 3' 위치에 β-시아노에틸(CE) 포스포라미다이트 기능이 있습니다. 2'-O-메틸 변형은 올리고뉴클레오티드 화학에서 가장 광범위하게 특성화되고 널리 채택되는 당 변형 중 하나입니다. 이 치환은 상보적인 RNA 가닥으로 형성된 이중나선의 열 안정성을 증가시키고 Watson-Crick 염기쌍 특성을 변경하지 않고 뉴클레아제 매개 분해에 대한 상당한 저항성을 부여합니다. 2' 위치의 메톡시 그룹과 결합된 견고한 이환식 아데노신 지지체는 당을 C3' 엔도(RNA 유사) 구조로 고정하여 표적 RNA 서열에 대한 최적의 혼성화를 위해 올리고뉴클레오티드 백본을 미리 구성합니다. 아데닌 염기의 N6 위치에 있는 벤조일 보호 그룹은 고체상 올리고뉴클레오티드 합성 중에 원치 않는 부반응에 대해 강력한 보호를 제공하는 반면, 5'-O-DMT 그룹은 역상 크로마토그래피 또는 트리틸-온 카트리지를 통한 손쉬운 정제를 가능하게 합니다. 따라서 2'-O-Methyl-rA(N-Bz) 포스포라미다이트는 RNA, siRNA, 안티센스 올리고뉴클레오티드(ASO), 압타머 및 기타 화학적으로 변형된 핵산 치료제에 부위별 2'-O-메틸아데노신 변형을 도입하려는 연구자들이 선택하는 빌딩 블록입니다.
생성물은 2'-OMe-U 포스포라미다이트(5'-O-(4,4'-디메톡시트리틸)-2'-O-메틸-우리딘-3'-O-[(2-시아노에틸)-(N,N-디이소프로필)]-포스포르아미다이트)입니다. 이는 우리딘 리보스 당의 2'-히드록실에 있는 수소를 메틸 그룹으로 대체한 변형된 RNA 포스포라미다이트입니다. 이 겉보기에 사소해 보이는 2'-O-메틸(2'-OMe) 변형은 뉴클레오티드의 특성을 극적으로 변화시킵니다. 즉, 뉴클레아제 분해에 대한 올리고뉴클레오티드의 저항성을 증가시키고, 면역 자극을 감소시키며, 상보적 RNA에 대한 결합 친화력을 향상시킵니다. 2'-OMe-U 포스포라미다이트는 고체상 합성 중에 RNA 서열에 이러한 유익한 변형을 도입하기 위한 표준 시약입니다.
5'-O-(4,4'-디메톡시트리틸)-N4-벤조일-2'-데옥시-5-메틸시티딘-3'-O-(O-2-시아노에틸-N,N-디이소프로필라미노) 포스포라미다이트(일반적으로 DMT-dC(Bz,5-Me) 포스포라미다이트, CAS 105931-57-5로 약칭함)는 변형된 것입니다. N4-벤조일 보호 그룹이 있는 5-메틸시토신 염기, 2'-데옥시리보스 당, 5'-O-디메톡시트리틸(DMT) 보호 그룹 및 3'-위치의 β-시아노에틸 포스포라미다이트를 특징으로 하는 데옥시리보뉴클레오시드 포스포라미다이트 단량체. 5-메틸시토신 변형은 DNA에서 후생유전학적 표지(CpG 메틸화)로 자연적으로 발생하며 안티센스 올리고뉴클레오티드(ASO) 화학에서도 널리 사용되어 뉴클레아제 저항성을 강화하고 결합 친화력을 조절합니다. 올리고뉴클레오티드에 통합되면 표준 Watson-Crick 기하학에서 5-메틸시토신 염기쌍이 구아닌과 짝을 이루지만 서열 상황에 따라 특정 DNA 메틸트랜스퍼라제의 기질로 인식되지 않습니다. 5'-O-(4,4'-디메톡시트리틸)-N4-벤조일-2'-데옥시-5-메틸시티딘-3'-O-(O-2-시아노에틸-N,N-디이소프로필라미노) 포스포르아미다이트는 정의된 메틸화 패턴을 갖는 CpG 함유 올리고뉴클레오티드 합성뿐만 아니라 5-메틸기가 면역 자극을 감소시키고 이중체를 증가시키는 안티센스 약물의 합성에 중요한 구성 요소입니다. 열 안정성.
